早孕40天时可以进行药物流产，对于药物流产的规定是停经49天内的早期妊娠。停经49天是从最后一次月经第一天开始算，不是从同房那天开始算。对于月经周期比较规律，大约28-30天一次的女性，与月经周期较长的女性相比，后者胚胎大小比前者要小，所以药流也相应可以放宽应用时间，可根据孕囊的大小帮助判断。对于月经周期规律是30天左右的女性而言，怀孕40天可以进行药物流产，40天的时候能够看到宫内妊娠囊，而且也在药流规定的时间范围之内。