患者移植胚胎后，腹部两侧附件区疼痛，常见原因如下：1、生理性：如果患者腹部出现轻微针刺样或痉挛样疼痛，可能与胚胎着床有关，无需过于担心，属于正常现象。如果患者选择新鲜周期胚胎移植方式，取卵后卵巢在恢复过程中，可能会出现轻微疼痛，若疼痛感没有加重，且患者无其他特殊情况，数天后痛感可能会逐渐消失；2、病理性：如果患者出现高热、寒战，且伴有两侧附件区剧痛，甚至出现较明显腹膜刺激征、按压后疼痛加重等现象，应怀疑患者是否在取卵后出现继发卵巢感染，建议及时到医院就诊，排除盆腔脓肿或急性盆腔炎发作的可能。