先天性甲状腺功能减退症多见于儿童、婴幼儿时期发病，主要的原因具体如下：1、母体在怀孕期间患有弥漫性甲状腺肿伴甲状腺功能亢进症，应用的抗甲状腺激素药物过量，使得婴儿容易发生先天性甲状腺功能发育不全；2、母体在怀孕期间患有甲状腺功能减退症，没有经过认真治疗，胎儿也可能发生甲状腺功能减退症，称之为先天性甲状腺功能减退症；3、母体发生了桥本甲状腺炎，由于自身免疫疾病具有一定的遗传度，胎儿也可能发生类似的疾病，导致甲状腺功能减退症；4、胎儿时期发生了异位甲状腺功能发育不良，导致甲状腺激素没有作用的场所，而发生甲减；5、新生儿先天性甲状腺发育不良可以引起先天性甲状腺功能减低症。一般对于先天性甲状腺功能减退症，目前很容易早期发现，因为一出生就会查足跟血，查甲状腺激素。如果发现有先天性甲状腺功能减退症，可以给予及时的左甲状腺激素替代治疗，避免患儿发生呆小症。