龟头有小水疱，可能有以下几个原因：1、生殖器疱疹：性接触疾病里面常见的生殖器疱疹，由于疱疹病毒通过不洁性接触，造成龟头部分的疾患，可能在龟头、包皮甚至冠状沟的地方，出现小的水疱，水疱周围可能出现充血。由于小水疱破裂以后，出现局部的浅表溃疡，要避免不洁性接触注意，并且做好保护；2、包皮龟头炎：普通的包皮龟头炎可能会产生局部的水疱，还有红肿、分泌物等；3、皮肤湿疹：皮肤湿疹通常表现有水疱。