卵巢囊肿多数是属于生理性，在2-3个月经周期后会自行消失或者逐渐减少。这类患者可以密切随访，2-3个月检查1次，以后再根据情况调整检查的间隔时间，一般情况下无需特别处理。 但是生理性的囊肿如果持续存在并且增大，比如增大到5cm以上，则应考虑该卵巢囊肿是肿瘤的可能，即考虑是病理性的囊肿；或者患者出现了疼痛的症状，出现卵巢肿瘤蒂扭转；又或者是年轻的女性在准备来月经的时候，出现了卵巢子宫内膜异位症，导致子宫内膜异位囊肿的破裂，上述情况一般需要手术治疗。极少数患者的卵巢囊肿是恶性肿瘤，恶性肿瘤同样需要手术治疗。