早上起来肚子疼想上厕所，分为以下两种情况：1、生理性：中医认为早上五到七点大肠经所主，这时肠道蠕动会增快，五六点钟起床洗漱一下，或者直接起床以后有便意，肠道蠕动加快，放屁，跑到厕所痛快排便，是非常好的习惯，不影响一天的工作生活。排完便以后肚子疼就缓解，没问题；2、病理性：早上起来肚子疼的严重，上厕所排出不畅，大便黏腻，可以去找医生看看，是否要进行调理。胃肠功能出现紊乱，早上四五点钟肚子疼上厕所，叫五更线，一般见于肾虚，用四神丸调理。肚子疼就要上厕所，可以选择痛泻要方，是专门中药方剂的名称。如果长期、反复的大便次数多，舌体胖大，有齿痕，选择六君子丸、参苓白术散等方子健脾，提升脾胃的消化吸收功能。