药物治疗对肛瘘无效，也就是肛瘘没有办法用药物进行有效的治疗。肛瘘必须做手术，且越早越好，不能无限拖延手术治疗。肛瘘的主要表现就是反复的外口或内口流脓血，每次流脓血都是一次严重发作，这种发作有可能使肛瘘变得更加复杂。原本的肛瘘可能是一个简单的瘘管，一个内口一个外口，反复流脓后可能形成多个瘘管，多个瘘口，使肛瘘变得更加复杂。复杂肛瘘治疗起来变得非常束手束脚，有可能会将这些侧支瘘管或其他瘘口遗留，这是造成肛瘘容易复发的主要因素。为了降低这些侧管和其他瘘口的形成，一旦确诊肛瘘就应该尽早手术。