药物流产会疼痛，疼痛类似于痛经，程度比痛经严重。多数情况疼痛可以坚持、耐受。药流主要作用机理为通过服用药物诱发子宫收缩、宫口扩张，将宫腔内妊娠组织排出。妊娠组织排出后，疼痛可得到较大缓解，出血亦可立即减少。如今人工流产可麻醉，相比以前没有麻醉的情况，药流的疼痛程度可比人工流产轻，但药流存在10%的失败率，所以不提倡药物流产。