植物神经功能紊乱不太好治，但是大部分经过正规治疗可以治愈。60%患者通过生活习惯、饮食习惯调整，以及药物的辅助治疗，可以改善或者治愈；30%患者可能通过药物的长期服用，可以缓解症状；只有10%的患者可能反复发作，甚至难治性。一般通过调整生活习惯，即平时尽可能生活规律、饮食规律，白天尽可能不要睡觉，睡觉前4个小时不要做剧烈运动，不要喝兴奋、刺激的奶茶、咖啡，及暴饮暴食等，不要看恐怖电影。可以睡觉前喝牛奶、蜂蜜水，泡脚、洗热水澡，养成良好的睡眠习惯，睡眠不要太晚，不要超过11点睡觉。可以用药物改善睡眠和情绪，主要是乌灵胶囊、枣仁安神胶囊、谷维素等，都可以改善睡眠质量和睡眠时间，同时还可以改善情绪。如果比较严重，可以用安眠药，包括酒石酸唑吡坦片、佐匹克隆及舒乐安定等药物，可以改善睡眠。同时给予调节情绪的药物，一般三环类抑郁药，还有5-羟色胺再摄取抑制剂，可以改善植物神经功能紊乱的症状。通过这些综合治疗，60%-70%患者可以完全治愈，再也不用吃药，30%患者可能要长期吃药，只有10%是比较难治性。