通常临床开具的都是大便的普通培养，即常规培养，主要用来检出疫区、社区的感染性腹泻、沙门氏菌、志贺氏菌，即常说的痢疾杆菌。 另外，住院超过三天，有抗生素使用史的腹泻患者，不能进行普通的大便培养，因为普通大便培养只在需氧环境下，抗生素相关性腹泻主要由难辨梭菌引起，难辨梭菌是厌氧菌，普通大便培养时可漏检，应进行难辨梭菌的培养。如果不具备难辨梭菌培养的厌氧环境，要对大便进行难辨梭菌毒素的检查，判断是否为抗生素相关性腹泻，即伪膜性肠炎引起的腹泻。