一般经十二指肠镜胆管取石风险主要是出血、感染，以及消化道穿孔为主要表现。一般十二指肠镜取石之前需要用切开刀，切开十二指肠乳头的狭窄段，便于取石。这时用切开电凝刀切开的同时会诱发十二指肠动脉出血，有些人会出现大出血，需要血管夹夹住，或者经过介入治疗方法来止血。但大部分十二指肠镜下的切开，出血比较好控，通过用抑酸药或者止血药这种保守治疗方法，可以控制。另一个则是感染，本身胆管结石的病人伴有短期感染，切开取石过程当中，或者之后，因为十二指肠的压力比胆管的压力有的时候高，十二指肠液食物的反流，也会导致短期的感染，做完手术之后，也会出现反复的发烧、寒战、高热。此外，本身切开过程当中，有的时候结石嵌顿，取石失败也比较常见。如果出现这种情况，需要再次取石，或者是通过手术治疗方法来进一步处理。