透明隔囊肿通常无法自愈，多数由先天性因素引起，类似蛛网膜囊肿。透明隔囊肿发生在透明膈之间的位置，多数人并无任何临床症状，但如果囊肿过大则可能导致双侧侧脑室阻塞或堵塞正中孔，此时可能引起脑积水、头疼、颅内压增高等相关症状，若无任何症状则可以不予处理。但由于脑部外伤或炎症等其他因素导致粘连，可能诱发继发性透明隔囊肿。对于病变较小且无任何临床症状的透明膈囊肿，若没有造成梗阻压迫，则无需特殊处理。若病灶较大引起患者相应梗阻症状，此时需考虑进行手术等相关治疗。因此透明隔囊肿通常无法自愈，但也不一定对所有患者均造成严重影响，需定期观察、随访。