怀孕39天即怀孕6周内，通常可以通过药物流产达到终止妊娠的目的。大约有80%-90%的女性能够成功终止妊娠，但依然有5%-10%左右的女性，即使通过专科医生的正确指导和用药，可能依然会出现不全流产，还可能会出现持续性且大量的阴道出血、严重腹痛等症状，甚至需要进行清宫手术达到止血目的。药物流产的禁忌症主要如下：1、合并其他疾病：如合并炎症、较严重的贫血，或存在肝肾功能的疾病无法用药；2、宫外孕：若时间虽然为39天，但通过超声检查发现为宫外孕，这时亦无法通过药物流产达到终止妊娠的目的。