口腔细菌的去除方法如下：1、漱口液含漱：在临床上有多种漱口液，可以根据患者不同的口腔环境，以及不同的口腔情况，而选择不同漱口液，总之最适合患者来控制口腔感染，去除口腔细菌的漱口液最佳；2、综合治疗：有些患者是牙龈发炎，例如智齿、冠周炎，如果要去除口腔细菌，可通过双氧水和生理盐水交替冲洗，并且再给予碘甘油涂抹，就可将口腔细菌进行及时去除，将炎症进行及时控制，从而将口腔的牙龈炎、智齿、冠周炎等疾病治愈；3、超声波洁牙：对患者的患牙进行全口洁治，例如龈上洁治和龈下刮治，通过超声波震荡的机械作用，从而将口内的牙结石、牙菌斑、食物嵌塞等富含口腔细菌的物质，进行彻底清理清洗，然后再进行抛光，以及后续治疗等。