肛门疼痛时要先寻找导致疼痛的原因，一般炎症性疾病是导致疼痛的最重要表现，比如肛周脓肿、肛瘘、肛裂等不同疾病，疼痛的性质也略有差别，治疗的方法也会有所不同，具体如下：1、肛瘘：疼痛相对较轻，但是会在肛门口出现一个迁延不愈、反复发作的肛周脓肿，这种情况只有将瘘管完整切开，使新生肉芽组织由内向外的生成，肛瘘才能治愈；2、肛裂：这种疼痛也属于溃疡性病变，但是肛裂本身很难自行愈合，大多都需要进行手术切除，而且肛裂疼痛较为严重，即便是排便结束，疼痛也会依然存在；3、血栓性痔：也会导致肛周疼痛，对于这种情况先要控制饮食，保持大便通畅，并且配合应用痔疮的药物，通过消肿活血的作用，痔疮的相关表现大多可以自然消失。如果痔疮较大，或者长时间引起局部的溃疡、感染等，就需要进行手术治疗，以缓解痔疮带来的肛周疼痛。