大多数肾结石患者并无明显疼痛感，少数患者有可能出现腰部隐痛、坠痛或钝痛，尤其是剧烈活动或长期站立后会有一些加重，但大多数均属于可承受范围。很多肾结石患者并不自知，只有体检时偶然发现才知道自己患有肾结石。肾结石一旦掉入到输尿管中，可以引发剧烈腰痛，临床上称为肾绞痛，疼痛从患侧的腰背部向下腰部放射，到输尿管下段后转向下腹部，可放射到会阴甚至大腿内侧，疼痛时坐卧不安，并出现恶心、呕吐、大汗等症状。肾绞痛通常难以忍受，多数患者需要到医院进行止痛治疗。结石如果从输尿管上段掉入下段，尤其是接近膀胱处，还会出现尿频、尿急、尿痛等症状。如果进入膀胱，通常没有明显疼痛感，但自膀胱通过尿道排出体外时，在尿道中如果出现卡顿，会出现尿道疼痛症状，并出现排尿滴沥、排尿困难等症状。