阴茎有刺痛感的常见原因包括以下几种：1、尿道炎：最为常见，病人发生淋菌性尿道炎时，由于感染性致病菌刺激尿道黏膜导致黏膜水肿、糜烂，在排尿时尿液刺激糜烂的黏膜会引起尿道刺痛症状。由于感染性致病菌刺激尿路黏膜引起水疱、脓疱，水疱、脓疱破裂后会形成脓性分泌物，病人会出现尿道刺痒、尿道口脓性分泌物；2、尿道结石：病人在发生尿道结石时，排出结石过程中会导致尿路黏膜破损和肉眼血尿症状，部分病人会出现阴茎刺痛；3、非淋菌性尿道炎：病人发生衣原体性尿道炎时也会出现尿道黏膜破损、糜烂以及尿道刺痛、刺痒症状。尿道刺痛比淋菌性尿道炎轻微，通常伴有尿道口稀薄、有透明分泌物。病人出现上述症状时需及时到泌尿外科或男科就医，通过规范的药物治疗后多数病人尿道刺痛症状会明显好转。