因引起脓毒血症的病原菌不同，小儿的抵抗力不同，所以脓毒症痊愈的时间也不同。若是轻度的脓毒血症，通常2周可以痊愈，但多数小儿是新生儿，或因烧伤、抵抗力极低、或感染特殊病原菌等引起的脓毒血症，治疗的时间将延长。特殊病原菌通常对普通的药物不敏感，所以需要先培养患儿的血液或局部细菌培养，再进行药敏试验，进而选择敏感抗生素进行治疗。但多数细菌培养和药敏试验需要3天，甚至1周。在此期间，由于感染十分特殊，没有对此敏感的抗生素进行治疗，通常将处于无效治疗中，只有当药敏试验结果出来后，选用有效抗生素，1-2周可见好转。所以根据病原菌的毒性不同，所引起的感染不同，而治疗的病程也将出现差异，部分小儿因自身抵抗力低下以及病原菌毒性特殊，可能出现迁延反复，甚至迁延几个月的情况。