肛瘘的原因目前还不清楚，主要原因是肛窦炎、肛窦感染引起的肛周感染，最主要的是肛窦感染，即肛窦感染扩散引起肛周脓肿。所以有时把肛周脓肿诊断为肛瘘，其实肛周脓肿与肛瘘是一个病的两个过程。肛窦感染以后引起肛周感染，若没有重视，有时会慢慢扩散，通过皮肤穿出去引起肛瘘、直肠肛门损伤。 有外伤或者直肠损伤时，粪便会顺着窦道流到肛周引起感染，感染破溃后会形成肛瘘，这也是肛瘘的主要原因。肛裂反复感染时，粪便也会流到肛周引起感染、破溃，形成肛瘘。