男性尿液存在腥臭味的原因主要如下：1、不洁性接触史：一般高度怀疑是淋球菌导致的尿道炎，或者非淋球菌性尿道炎。非淋球菌性尿道炎主要由支原体、衣原体所致，一般尿道外口存在大量脓性分泌物，具有腥臭味，尿液内也具有类似的味道，一般通过病原体检测可以明确。淋球菌感染一般通过大剂量头孢类药物进行治疗，而支原体、衣原体感染一般可以选用大环内酯类抗生素进行治疗；2、尿路感染：致病菌主要包括大肠杆菌、金黄色葡萄球菌、变形杆菌，一般随着细菌以及尿路黏膜的细胞脱落，容易形成脓样分泌物，一般通过喹诺酮类抗生素进行治疗；3、其它原因：主要由于多数男性存在包茎或者包皮过长等，而且平时不注重个人生殖器卫生，导致较多包皮垢沉积，应注意包皮和龟头的清洁，必要时进行包皮环切手术。