肾囊肿的手术方式有以下两种：1、肾囊肿穿刺引流加硬化剂注射治疗：手术在局麻下进行，在B超引导下找到肾囊肿，用比较长的针经由体表穿刺进入肾囊肿，将肾囊肿内囊液大部分引出体外，之后在囊肿之内注射药物，使囊肿产生无菌性炎症，不同囊壁之间产生粘连，减少肾囊肿以后再长或者再复发的机会；2、腹腔镜下肾囊肿去顶术：手术通常在全麻下进行，在腹腔镜下进行，一般在腹部、腰背部打三个孔，在观察镜观察下找到肾囊肿，用电刀、超声刀将囊肿顶部的囊壁整个切除掉，把囊液放出，同时在囊肿内充填部分脂肪，或者对囊肿的囊壁进行处理，使远期不会有囊肿复发的情况。