尿液呈柠檬黄色的原因，具体如下：1、生理性因素：生理性因素与患者饮食中摄入某些物质含有黄色色素有关，这些色素经过人体代谢，代谢到尿液中，导致尿液颜色发黄。常见于药物摄入，比如大黄含有一定的黄色色素，如果摄食大黄，则大黄的色素会通过尿液排泄，使尿液呈现为鲜黄色；2、病理性因素：病理性因素常见于某些特殊细菌感染所导致的尿液颜色改变，常见于金黄色葡萄球菌。金黄色葡萄球菌感染以后，会导致尿液呈现为鲜艳的黄色。一旦发生尿液呈柠檬黄色，则需要进行尿常规检查。如果尿常规中白细胞超标，同时尿培养中可以培养出金黄色葡萄球菌，则可以确诊为金黄色葡萄球菌所导致的泌尿系统感染，可以采用敏感的抗生素进行针对性治疗。