脑血栓后遗症期的治疗，服用的药物最重要的还是防止脑血栓再次发作的二级预防治疗。针对脑血栓的病因，治疗方法不同，具体如下：1、动脉粥样硬化：比如动脉粥样硬化需要选择抗血小板聚集，以及他汀类药物来调节血脂、稳定斑块；2、大血管狭窄：若是对于比较大的血管狭窄，必要时需要对责任血管进行动脉内膜剥脱，或者血管内的支架成形术，来减少责任血管的狭窄；3、房颤：若是心脏的房颤导致的脑栓塞，在后遗症期需要结合患者自身情况，如肝、肾功能以及是否合并有其他的疾病，根据出血的风险评估，以及合并的因素来考虑是否需要进行抗凝治疗。常用的抗凝治疗，可口服华法林或者是新型口服抗凝药进行治疗；4、其他的原因：如结缔组织病或者是血管炎等疾病导致的脑梗塞，需要针对病因进行免疫治疗。所以对于脑血栓后遗症期的治疗，主要是针对脑血管病发病的病因，积极进行病因治疗，完成脑卒中的二级预防，以防止卒中再次发生。