小朋友指甲脱层的原因，常见以下几点：1、营养不均衡：存在厌食、挑食、偏食，导致缺乏微量元素，如缺乏微量元素当中的铁或锌，可以出现指甲发育异常，引起指甲脱层。出现上述情况时应及时到医院化验微量元素，观察是否存在微量元素缺乏。如果存在微量元素缺乏，需要积极补充微量元素，调整日常饮食，做到营养均衡，既不挑食，也不偏食；2、真菌感染：常见于灰指甲，多数是由于家庭中其他成员存在真菌感染，或小去公共浴池以及公共游泳池引起的真菌感染。此时需要及时到医院就诊，在皮肤科医生的指导下明确诊断，及时给予针对性治疗。