经颅磁治疗在临床工作中已经广泛开展，主要对以下疾病有一定辅助治疗作用：1、脑血管病：无论是缺血性脑血管病，还是出血性脑血管病，在慢性康复过程中用经颅磁治疗，都有一定帮助，可以改善已经瘫痪的肢体、不会说话的语言功能，包括认知功能，都有一定疗效；2、焦虑症、抑郁症：在此方面经颅磁治疗确实取得了一定卓越的疗效，三管齐下指心理治疗、药物治疗、经颅磁治疗，此3种治疗方法是治疗焦虑症、抑郁症的法宝；3、神经系统的慢性变性病：包括癫痫、帕金森病、阿尔茨海默氏病以及其他慢性病，经颅磁治疗对上述疾病的治疗也有一定的疗效。