药物流产的成功率能够达到90%，但仍有10%会出现药物性流产失败，包括孕囊未排出、药流不全，或药流之后出血的时间过长、出血量过多等。因为药物性流产所使用的药物，通常需要杀死孕囊，使孕囊失去活性，并且与子宫内膜间的关系也会被切断，再使用促进子宫收缩的药物，使孕囊排出。但通常会受多种因素影响，包括患者自身对药物不敏感，还有使用后患者子宫收缩不够、子宫收缩不强烈，导致无法彻底排出孕囊。还有就是自身因素的影响，对药物不敏感或对杀胚药物不敏感，没有彻底杀死孕囊，均会造成流产失败。流产失败之后，需及时加用清宫术，将孕囊与子宫内整体子宫内膜清理出来，才属于完整的流产手术。