耳朵内疼且有异味，常见有以下几种原因：1、耵聍栓塞：同时伴有感染，耵聍泡胀后，对耳壁进行压迫，引起剧烈疼痛，同时会闻到腐败的臭味；2、过敏性因素：外耳道湿疹伴有感染时，会出现耳部疼痛，同时有淡淡的臭味，患者出现外耳道湿疹后，内部潮湿，伴有细菌感染，会产生腐败味道；3、中耳胆脂瘤、外耳道胆脂瘤：脓液有独特的胆脂瘤臭味，可以通过额戴反光镜，或者耳镜，来观察耳部的情况，是否有胆脂瘤上皮，如果鉴别困难，特别是外耳道狭窄、脓性分泌物比较多、外耳道肿胀比较厉害的情况下，可以做颞部CT，来观察外耳道、中耳这些结构有没有溶骨性改变，以此作出诊断。