生殖器疱疹的初发是性传播性外源性感染，尽管生殖器疱疹是自限性疾病，但其在支配初发性感染的皮肤和黏膜的感觉神经元内长期潜伏感染，目前生殖器疱疹很难彻底治愈，且容易复发。治疗上目前使用较多的为一些抗病毒类药物，如阿昔洛韦、伐昔洛韦等，这些药物在临床上广泛使用且短期效果较佳；如果为长期复发的患者，反复吃药可能会出现耐药性，此时可换用其他药物，如膦甲酸钠等；除此之外，还可以使用干扰素来抑制病毒复制，调节免疫。或者采用干扰素诱导剂增强抗体形成。