女性患有肾盂肾炎，可以采用以下药物进行治疗：一、抗病原微生物药物：1、喹诺酮类药物：因为女性的肾盂肾炎，绝大多数是革兰氏阴性杆菌，尤其是大肠杆菌造成。在排除了禁忌证的情况下，可以应用喹诺酮类的药物进行治疗，因为喹诺酮类的药物在尿液中的浓度最高，有利于进行肾盂肾炎的治疗。如果存在部分禁忌证，例如女性的孕期、哺乳期，或者女性患有高血压，尤其是恶性高血压，以及主动脉瘤、主动脉夹层、精神异常等，可能就不适宜使用喹诺酮类的药物，否则容易加重上述的情况，或者引起不必要的异常。如果女性小于18周岁，也不宜选用喹诺酮类的药物进行治疗；2、β-内酰胺类的药物：β-内酰胺药物只要不存在过敏的情况，就可以选择应用其治疗肾盂肾炎。二、小苏打：应用抗病原微生物治疗肾盂肾炎的同时，也需要服用小苏打碱化尿液，抑制细菌的生长。三、中成药：还可以应用某些中成类的药物，改善尿路感染的症状，也就是肾盂肾炎的症状，例如三金片、热淋清颗粒，以及银花泌炎灵片等。治疗肾盂肾炎的时候，要多喝水，注意休息，戒烟戒酒，避免辛辣的食物，这些措施也很重要。