因为机体具有自我修复能力，轻度药物性肝损伤患者只要停用引起肝损伤的药物，可能不需要经过特殊的治疗，即可自动痊愈。中重度药物性肝损伤患者的疗程根据引起肝损伤的药物种类、摄入的量、肝损伤的严重程度，以及患者原来的基础疾病而有所不同，治疗的时间自数日至数月不等。药物性肝衰竭的治疗时间更长，部分患者甚至无法治愈。对于治疗结局，急性药物性肝损伤患者的预后较佳，而慢性药物性肝炎的预后总体上亦好于组织学类似的非药物性肝损伤。胆汁淤积性药物性肝损伤患者一般需要停药后3个月到3年方可逐渐恢复，部分患者的病情反复发作，且迁延不愈，最终可能出现严重的胆管消失及胆汁淤积性肝硬化，其预后较差。