运动后膝盖酸痛有以下原因：一、生理性原因：如果患者较少运动，突然做膝盖、膝关节运动，比如跑步、深蹲等，这时软骨会无法承受，出现应激性反应，关节滑膜会出现应激性反应，出现轻度酸痛，此时建议减少运动，开始运动时要适度，逐步开始运动。二、病理性原因：1、剧烈运动：如果长期跑步、下蹲、负重等，导致局部软骨下骨髓肿，或者软骨下骨微骨折，疼痛可能持续几个月，需要减少负重，甚至需要做局部治疗；2、下蹲：尤其是负重深蹲时会出现髌骨关节压力增大，如果同时存在髌骨软骨退变或者髌骨半脱位，负重不均匀，容易导致运动后膝盖酸痛。