输尿管刺痛的原因如下：1、泌尿生殖系统疾病：比如上尿路结石，如肾结石、输尿管结石，其在肾内掉入输尿管，或者在输尿管内进行活动，可以引起输尿管部位的刺痛，或者引起肾区绞痛，向腹部、下腹部、会阴部、尿道、生殖器等部位进行放射；2、上尿路炎症：如肾盂肾炎、输尿管炎，也可以出现类似刺痛的症状；3、输尿管肿瘤：如良性肿瘤或者输尿管癌，有时会出现血尿，以及输尿管的疼痛症状；4、输尿管操作：包括输尿管放置支架管，以及输尿管镜手术，这些情况下均可以导致术后输尿管出现刺痛的症状，输尿管出血后血块的刺激，也会导致临床症状的出现。输尿管刺痛通常很难通过临床的体位、部位，进行准确的判断位置，在临床上可能需要临床体征，以及泌尿生殖系统的检查来进行明确，对于病因的治疗是所要做的一个选择。