在肛肠疾病中，高位复杂性肛瘘手术后复发率比较高，国外报道其复发率高达21%。如果是高位单纯性肛瘘，手术后大部分都能痊愈，极个别人复发。如果是低位复杂性肛瘘，手术后应该都能治愈，复发者可能是有未被发现的高位瘘，单纯的低位肛瘘手术后都能治愈，不会复发。如果是高位复杂性肛瘘，手术后大约有20%的人可能复发。肛瘘手术后复发的原因很复杂，主要的原因是内口问题，没有找到真正内口，或者是有2个内口，而手术只切开了1个。由于内口是肛瘘的感染源，有遗留的内口就一定会复发。肛瘘术后复发的另一个原因是病情复杂，瘘管太多，走向不明，结果是手术中有遗漏，造成术后复发。