抗菌药物在临床应用的时候疗程很重要，要根据病原菌的种类以及疾病的严重程度来决定疗程。在2015版的抗菌药物临床应用指导原则当中指出，抗菌药物的疗程因为感染不同，疗程也不尽相同。一般来讲应该是用到体温正常症状消退后72-96小时，也就是3-4天，如果有局部病灶，还可以用到感染灶完全消散。严重的感染，比如血流感染、感染性心内膜炎、化脓性脑膜炎、伤寒以及骨髓炎严重的感染性疾病，使用的疗程要比较长。容易引起并发症的，比如A组溶血链球菌引起的扁桃体炎或急性咽炎，如果治疗不彻底会导致肾小球肾炎，治疗时通常像青霉素头孢菌素类药物要用到十天以上。头孢类药物应用多长，要根据病原菌的种类以及感染性疾病的严重程度而定。