一般情况下，肛瘘可以根治，找到正确的内口，内口处理也很正确，肛瘘就会治愈。如果肛瘘未治愈，可能残留支管，或者找的内口位置不对，就不会治愈。所以只要是采用正确的治疗方法，一般肛瘘可以治愈。 当然也有所谓的复杂性肛瘘，很多情况下可能还潜在的其它的病，比如最常见炎性肠病克罗恩病，往往在肛门周围形成各种复杂的瘘管，这些瘘管往往不能彻底治愈，即使通过手术方法，可能也长不好。这种情况下，需要治疗原发病，使肛瘘达到比较好的愈合状态。