肛门疼痛常见原因有以下几点：1、肛裂：当肛管上有裂口，此时疼痛较有特点，在大便时比较疼痛，大便后还会疼痛一段时间，此时通常称为节律性疼痛，应做肛门检查明确原因，并对症治疗；2、肛周脓肿：肛周脓肿是肛周有细菌感染，造成局部出现疖脓、脓包，此时肛门周围会出现硬块，触摸疼痛，且周围皮肤温度增高，有红、肿、热、痛等症状。有些脓肿较深，表面摸不到包块，但会出现疼痛，甚至发热，此时应及时就医，必要时进行手术；3、血栓性外痔：血栓外痔疼痛是肛门口出现紫黑色硬块，触摸较硬，此时通常需要手术切除。若出现血栓性炎性外痔，当痔疮在外面出现炎性改变后会出现疼痛；4、混合痔嵌顿：许多痔核卡在肛门口无法进入时，此时会引起疼痛；5、肿瘤：此原因较为少见，若肛门周围出现肿瘤，如肛管癌、肛门周围黑色素瘤等晚期时会引起疼痛。