睡觉醒来头疼，具体原因如下：1、生理性原因：若很短暂，可能是因为睡觉时处于安静状态，血流比较缓慢，神经也处于休息状态，刚醒来会出现一过性反应不过来，即大脑出现一过性缺血、缺氧，从而出现头痛症状，此类情况很快缓解；2、病理性原因：部分存在血管硬化基础的患者在睡眠当中处于血流缓慢、缺氧状态，刚醒来后状况还没有缓解，或者久久不能缓解，出现头痛症状与血管硬化、供血不足有关。还有一部分患者在睡眠当中可能出现骤寒症状，导致神经发炎，从而出现睡觉醒来头疼，需要给予抗病毒和神经痛的治疗。除此之外，部分睡眠欠佳的患者会出现睡眠不足而神经衰弱的症状，也会表现为睡觉醒来头疼症状，要针对神经衰弱进行治疗，可以给予抗焦虑、抑郁的药物，包括三环类抑郁药、5-羟色胺再摄取抑制剂。此外，还可以给予患者改善睡眠、焦虑、抑郁症状的药物，包括百优解(盐酸氟西汀分散片)、塞勒特(盐酸帕罗西汀片)等，均可改善大脑因为突然醒过来、睡眠不足造成的头痛症状。