手掌皮肤的透明小疙瘩的主要原因如下：1、手掌汗疱疹：汗疱疹的原因尚不明确，为常发生于手掌和脚掌的皮肤病。每年一般复发2次，每次持续1-2个月，多发生在年轻人，皮肤损害主要表现为透明的小水疱。但是水疱临床表现为比较硬，通常不容易破，随时间的推移，可以自行干枯和脱皮。患者可以没有自觉症状，可能与精神紧张、出汗异常或者特殊职业等有关；2、手部湿疹：对于手掌上出现透明的小水疱或小疙瘩，临床上还可见发生在手掌部位的湿疹。手部湿疹由于手部皮肤经常出汗，导致汗水刺激或者手部皮肤经常接触热水、香皂、洗衣粉、洗涤灵以及各种化学试剂等刺激，而导致手部的皮肤过敏。皮肤损害可以表现为透明的小水疱，患者常伴有瘙痒，真菌检查为阴性；3、真菌感染：手掌皮肤的真菌感染导致手癣，手癣的皮肤损害早期也可以出现透明的小水疱。因此患者手掌出现透明的小水疱或小疙瘩的皮肤损害，应该到正规医院的皮肤科，由皮肤科医生详细检查，配合相关的化验检查，明确诊断和原因。