宝宝发烧39℃的治疗办法如下：1、对症治疗：对症治疗就是应用退烧的药物，可以给宝宝应用对乙酰氨基酚或者是布洛芬这一类的退烧药，这种药物应用大约都是0.5-1小时开始起效，1-2个小时以后会出现明显的退烧作用，同时让宝宝多喝温水，出汗以后就会有明显的退烧效果。另外在应用退烧药的同时，也可以给宝宝进行物理降温，如果宝宝能接受的情况下，可以给宝宝洗温水澡，或者是用温毛巾湿敷腋下、腹股沟等大血管走行的部位，能够带走皮肤表面的热量，可以起到辅助退烧的作用。当然应用退烧药和物理降温，都只是对症治疗的一种办法，由于宝宝发烧的病因没有解除，即使退烧了以后，仍然会出现发烧的反复；2、对因治疗：在儿童引起发烧最常见的原因还是感染导致的，可以是病毒、细菌，或者是支原体，或者是其他的病原微生物的感染，感染也可以在呼吸道、消化道、泌尿系统、神经系统等，要密切监察宝宝的临床症状。有没有上述的系统的症状，比如出现咳嗽、有腹泻，有尿频、尿急，有精神萎靡、嗜睡抽搐等症状，应当及时到医院，让医生查体并完善相关的检查，以判断炎症的部位以及炎症的性质，并针对炎症，来选择合理的应用的药物来进行治疗。比如针对病毒，如果是流感，可以选用奥司他韦，如果是细菌感染引起的，可以应用敏感的抗生素来进行治疗。这些针对病因治疗，都可以改善发烧的症状，最后使宝宝的疾病痊愈。还有一些宝宝发烧是由其他原因引起的，比如说免疫系统疾病，要根据宝宝是否有免疫系统疾病的特点，比如有皮疹、关节肿痛、肝脾淋巴结的肿大等，应用抗生素效果不佳等情况，完善相关的免疫系统的检查，就能够明确是不是这一类的疾病，来针对这类的疾病应用一些药物治疗，才能最终达到退烧的目的。