扁平疣是比较好治疗的，大多数都可以治愈，只有少部分病情可能会复发。
如果扁平疣数目不多，可以采取局部的物理治疗，比如冷冻、激光、电烧灼等方式，将其去除，但是要注意去除干净，否则有残余的皮损，通过搔抓等还是可以重新增多复发的。如果扁平疣数目较多，可以外用药物治疗，比如干扰素凝胶、咪喹莫特乳膏，还有维酸制剂，比如阿达帕林、维A酸乳膏等，对扁平疣也是有一定治疗作用的。
对于比较顽固的扁平疣，一方面可以配合一些免疫调节剂进行治疗，比如干扰素、左旋咪唑、胸腺肽等，提高机体免疫力辅助治疗。另一方面可以采取疣体自身埋植术，通过刺激机体的免疫力治疗扁平疣，对部分顽固的患者也有不错的效果。
治疗效果往往因人而异，但通常不需要太过于急于求成，因为多数患者可能在几年之内，由于自身免疫力的成熟，可以将扁平疣自行排斥掉而自行痊愈。
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