羊水穿刺并不能100%排除畸形。
羊水穿刺是一种检查方式，主要是检查染色体异常，可以检查出胎儿是否患有染色体疾病，只能够检查出部分的先天性畸形，如唐氏综合征等。但是羊水穿刺并不能够排除所有的畸形，如果是患有唇腭裂等畸形，羊水穿刺有可能会检查不出来。所以羊水穿刺并不能完全排除畸形，还需要结合其他的检查进行诊断。
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