小便时尿道疼痛的治疗方法如下：
1. 尿道损伤：是泌尿系统最常见的损伤，多见于暴力因素如锐器伤、弹片、骑跨伤，及医源性因素如治疗时操作不当。可以遵医嘱应用抗生素治疗，如头孢克肟，以预防感染，并及时进行手术治疗。
2. 尿道炎：主要指通过性接触传播途径由淋球菌或非淋球菌的病原体所致的急慢性尿道炎。若为淋球菌感染引起，可遵医嘱使用青霉素类药物进行治疗；若非淋球菌的病原体感染引起，可遵医嘱使用米诺环素、红霉素等治疗。治疗期间配偶应同时治疗，以免重复感染。
3. 急性肾盂肾炎：是肾和肾实质的急性细菌性炎症，致病菌主要为大肠埃希菌和其他肠杆菌及革兰阳性细菌。建议多饮水，可遵医嘱使用左氧氟沙星、哌拉西林、头孢哌酮等药物进行治疗。
4. 尿道结石：与身体的代谢异常、尿路的梗阻等因素有关。对于结石<0.6cm，且结石以下尿路无梗阻者，可采用药物排石治疗，如乙酰半胱氨酸，必要时可进行体外冲击波碎石治疗。
5. 膀胱癌：膀胱癌是泌尿系统最常见的肿瘤，发病与吸烟、长期接触工业化学用品等因素有关。可在医生指导下进行手术治疗，如经尿道膀胱肿瘤电切术，术后辅助腔内化疗或免疫治疗。
综上，小便时尿道疼有很多原因，最好及时去医院就诊明确病因，根据不同原因采取不同的治疗方法。
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