为适应疾病谱和医学模式改变，扩大疾病预防控制功能，优化卫生防病资源，加强对疾病控制的应急能力，提高卫生防病科技水平和服务质量，理顺公共卫生执法监督体制，根据全国和上海市卫生工作会议精神和要求，1998年11月上海市疾病预防控制中心(简称市疾控中心)和上海市预防医学研究院正式挂牌成立。

为建立具有时代特征、中国特色和上海特点的疾病预防控制体系，根据预防归口、综合管理、网络统一、上下对口、机构整合和功能重组的组建原则，在原市卫生防疫站基础上实质性合并市劳动卫生职业病防治研究所、市寄生虫病防治研究所、市结核病防治中心、市皮肤病性病防治中心以及市肿瘤防治研究办公室、市心脑血管疾病防治研究办公室，组成市疾控中心和市预防医学研究院。将治疗相关疾病的临床医院作为临床基地，将研究相关疾病的科研院校作为科研基地。通过协作机制，发挥上海整体防病优势，构成市级多部门合作疾控网络。按照功能对应、分级管理和能级指导的要求，组建区、县疾控中心和社区卫生服务中心(疾病综合防治)，形成上海市三级疾病预防控制网络体系。
市疾控中心是实施市政府卫生防病职能的专业机构，集疾病预防与控制、监测检验与评价、应用科研与指导、技术管理与服务、综合防治与健康促进为一体，以预防和控制危险因素、疾病、伤害和失能，提高全人群健康水平和生命质量为目标。在继续加强传染病预防和控制的同时，积极开展对慢性非传染性疾病的预防和控制，重点加强疾病预防的技术决策、信息综合、防治实施、应用研究和预防服务等功能。
市预防医学研究院由市疾控中心部分科室、若干研究室和重点实验室组成，是以开展预防医学应用研究，提高卫生防病实施技术，加快公共卫生人才培养为目标的科研机构，主要承担各类疾病预防控制的应用研究以及对环境、职业、营养不良等健康危害因素的识别、评价和控制的研究。