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达尔文与表姐埃玛相恋，1839年1月两人结婚，婚后生了10个儿女。长子威廉(1839年生)无生育能力；次子乔治(1845年生)有神经质，爱谈论他人病痛；三子费朗西斯(1848年生)患精神忧郁症；四子伦纳德(1850年生)无生育能力；五子雷勒斯(1851年生)多病，一直处在母亲照料之下；六子小查理(1856年生)2岁时死亡；长女安妮(1841年生)10岁时患猩红热而死；次女玛丽(1842年生)出生后即死；三女亨利埃塔(1843年生)，无生育能力；四女伊莉沙白(1847年生)终身未嫁。直到晚年，达尔文才悟出这种不幸的原因。他以极大的努力进行了植物受精的研究。实验证明，植物的高度的生命力，异花受精比自花受精优越。他从这一发现中受到了启示；他和埃玛所生子女体弱多病，正是近亲婚配造成的恶果。