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继发性肝癌和原发性肝癌，最大的区别就是癌细胞的来源不同。原发性肝癌是指来源于肝脏的肝癌，其癌细胞是由于肝脏内的肝细胞或者肝内胆管上皮细胞发生癌变而形成，其中来源于肝细胞的肝癌占原发性肝癌的95%，而胆管细胞癌仅占5%。因此，临床上所说的原发性肝癌，一般都是指肝细胞癌。继发性肝癌是来源于肝脏以外的器官，也就是肝脏以外器官的癌症转移至肝脏而形成的，最常见发生肝脏转移的癌症有肺癌、乳腺癌、胰腺癌、胃癌、大肠癌等。
其次，继发性和原发性肝癌的临床表现，包括CT影像表现也不相同。原发性肝癌一般只会出现在肝脏相关的临床症状，在CT上一般为单个较大的肝脏病灶，周围还带有数个小的卫星病灶。继发性肝癌除了肝脏癌症的相关表现外，还具有原发病灶相关的临床表现，在CT片子上，肝脏病灶一般为多发，大小差别不大。
最后，治疗方式和预后也不同，原发性肝癌的治疗以手术、介入治疗以及免疫和靶向治疗为主，中晚期原发性肝癌的预后比较差，而继发性肝癌主要采用原发癌症的治疗方案，预后跟原发癌症相关联。
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