晨起后肝区隐痛可能与以下疾病有关：1、各种急、慢性的肝脏疾病均会引起肝区不适，甚至隐痛，晨起后症状尤为明显。常见的引起肝区不适或者疼痛的疾病包括病毒性肝炎，例如急、慢性乙型或丙型肝炎，还包括酒精性肝病、药物性肝炎和自身免疫性肝病等，长期的肝脏炎症、水肿导致肝被膜受刺激，会引起肝区不适；2、在早晨空腹时，胆囊炎、慢性胆囊炎或者胆囊结石等肝外疾病也会引起肝区不适。肝区是胆囊所在的区域，胆囊与肝脏紧密相连。因此，晨起时自觉肝区不适的患者，需及时就医，进行肝脏以及胆囊的超声学检查，尽早明确肝脏疾病、胆囊炎症、肿瘤或结石等疾病。临床还需化验肝功能以及常见的肝病标志物，包括乙肝五项、丙肝两项以及甲胎蛋白和CA19-9等肝脏肿瘤标志物，便于进行针对性治疗。