治疗胃肠功能紊乱的药物主要包含两类，具体如下：1、调节胃肠道动力和蠕动的药物：如曲美布汀，曲美布汀是一种胃肠道的、双向的调节剂，在便秘时可以起到促进肠道蠕动的作用，在腹泻时可以起到减慢肠道蠕动的作用，另外还有匹维溴铵(得舒特)也是一种能够有效调节胃肠功能紊乱的药物，还可以使用如莫沙必利、伊托必利、多潘立酮这一类的药物；2、益生菌：益生菌可以通过调节肠道的菌群，起到调节胃肠功能紊乱的作用。