如果怀孕了发现卵巢囊肿，需要看怀孕的时间和囊肿的大小：1、囊肿不大：如果囊肿不大，在怀孕的早期和怀孕的晚期都继续观察；2、囊肿比较大：如果囊肿比较大，需要做手术，等待时机，在怀孕早期一般不考虑做手术，而是要选择在怀孕三个月后，因为在三个月之前胚胎种植得并不是十分结实，此时进行手术可能刺激到子宫，引起子宫收缩，很容易发生流产，而怀孕三个月以后相对流产率低得多，这时做手术相对比较安全。但是也不要时间过长，因为随着子宫增大，腹腔的容积越来越小，手术也会增加很多的麻烦，同时需要注意，只有在囊肿是良性的情况下，才能够给予观察的时间，一般在临床上绝大部分囊肿都良性，很少是恶性。