头顶右侧一阵一阵刺痛的原因如下：1、颅内器质性病变：建议行头颅核磁共振检查，明确是否存在颅内病变，如脑出血、脑梗死、颅内肿瘤、血管瘤破裂、血管畸形等，有高血压、高血脂、动脉硬化的患者建议到医院神经内科进行检查；2、带状疱疹病毒侵犯头顶部神经：头顶部可见到明显疱疹瘢痕或者疱疹，主要由于病毒侵蚀神经，尤其是神经外衣，即神经髓鞘，导致神经损伤出现阵发性刺痛；3、睡眠障碍：神经衰弱、植物神经功能紊乱、工作和家庭生活繁重、过度疲劳也会出现头顶阵发性头痛；4、其他：颈椎病导致的颈源性头痛也可表现出此类症状。