新生儿心脏杂音二级能否自愈，取决于产生杂音的原因，需要咨询专业儿科心血管医生做出判断，主要原因如下：1、生理性杂音：由于最常见的肺动脉瓣杂音，因为新生儿出生之后，肺血流大量增多后，肺血管相对狭窄，引起二级杂音，可能是生理性杂音，此种杂音通常可以自愈。因为随着其年龄增大，其肺动脉便会增宽，增宽后杂音自然便消失了，即自愈；2、房间隔缺损：新生儿心脏杂音二级，见于部分房间隔缺损，如果缺损面积是8mm以内，房间隔缺损随着年龄增长，自愈几率也非常高，尤其3-4岁以内也有自愈的。但如果心脏二级杂音，是由于比较大的房间隔缺损引起，8mm、10mm或者十几毫米的房间隔缺损引起，此种杂音自愈的可能性便相对较小；3、其他复杂先天心脏病：比如由于主动脉弓缩窄或者肺动脉狭窄引起的杂音，此种杂音自愈可能性便相对较小。